中国周易风水策划研究院下设理事会、秘书处、公关部、调研室、培训部、信息中心、理论与成果研究中心、业务室、会员部，理事会是中国周易风水研究院的最高权力机构。

理事会设院长1人，名誉院长1人，常务副院长、副院长、常务理事、理事、顾问若干人。

研究院初建时，院长由倡议发起人担任，常务副院长、副院长、常务理事、理事、顾问由代表选举产生。